يخضع التنظيم الهيكلي لوزارة التربية الوطنية لمقتضيات المرسوم رقم 2.96.956 الصادر في 4 فبراير 1998، الذي أناط بها مهمة إعداد وتنفيذ سياسة الحكومة في مجال التعليم الأولي والأساسي والثانوي وكذا مراقبة الدولة على التعليم الخصوصي، كما أوكل إليها أيضا مهمة إعداد سياسة الحكومة في مجال التربية للجميع الخاصة بالأطفال غير الممدرسين أو المنقطعين عن الدراسة.
هذا، ويشتمل التنظيم الهيكلي للوزارة بالإضافة إلى ديوان الوزير على كتابة عامة ومفتشية عامة و14 مديرية مركزية هي: مديرية المناهج ومديرية العمل التربوي ومديرية الدعم التربوي ومديرية التربية غير النظامية ومديرية الرياضة المدرسية ومديرية الاستراتيجية والدراسات والتخطيط ومديرية تقويم النظام التربوي ومديرية
الموارد البشرية ومديرية البنايات والتجهيز ومديرية الشؤون الإدارية والعامة ومديرية التعاون والارتقاء بالتعليم الخصوصي ومديرية اللاتركيز والتنظيم والإعلاميات ومديرية الميزانية ومراقبة التدبير ومديرية الشؤون القانونية والمنازعات، وقسم الاتصال، مع الإشارة إلى أن كل مديرية مركزية تشتمل على العديد من الأقسام والمصالح.
وعلى إثر تعيين حكومة التناوب التوافقي سنة 1998, تم إحداث الوزارة المنتدبة لدى وزارة التربية الوطنية المكلفة بالتعليم الثانوي والتقني، وذلك بمقتضى الظهير الشريف رقم 1.98.38 الصادر في 17 من ذي القعدة 1418 (16 مارس 1998) بتعيين أعضاء الحكومة، حيث تم تنظيم هذا القطاع بمقتضى المرسوم رقم 2.99.924 الصادر في 3 ديسمبر 1999 وأسندت له مهمة إعداد وتنفيذ سياسة الحكومة في مجال التعليم الثانوي والتقني وكذا السهر على مراقبة مؤسسات التعليم الخصوصي.
وتشتمل هذه الوزارة، بالإضافة إلى ديوان الوزير على إدارة مركزية ومصالح خارجية. وتضم الإدارة المركزية كتابة عامة وأربع مديريات هي مديرية الدراسات والاستراتيجيات التربوية ومديرية الثانويات ومديرية تكوين الأطر والموارد البشرية ومديرية الشؤون الإدارية والمالية وقسم للشراكة.
والجدير بالإشارة، أنه على إثر التعديل الحكومي لسنة 2000 و بموجب المرسوم رقم 2.00.906 الصادر في 16 أكتوبر 2000 المتعلق باختصاصات وزير التربية الوطنية، تم تأهيل هذا الأخير لممارسة الاختصاصات المسندة إلى وزير التربية الوطنية والوزير المكلف بالتعليم الثانوي والتقني ، وكذا ممارسة السلطة على الهياكل المحدثة بموجب المرسومين رقم 2.96.956 الصادر في 4 فبراير 1998 ورقم 2.99.924 الصادر في 3 ديسمبر 1999 السالفي الذكر.
