بعد احتلال بغداد انتشر رجال الموساد وعملاؤه في بقية العراق، فكان أول مكتب "للموساد" في مطار بغداد الدولي.
كما اتخذت عناصر عسكرية صهيونية قدّر عددها بفرقة عسكرية مع معداتهم القتالية من (نادي الفارس) مقراً لها، وهو الموقع الرئاسي الكبير في حي العامرية القريب من المطار.
أما المقر السري "للموساد" فهو يطل على مدرج المطار، ويشرف على قاعة كبار الزوار.
وبعد عام على الاحتلال ازداد رجال "الموساد" حتى بلغ عددهم بحسب تقديرات صحفية بـ(2400) عنصر، وهو أكبر تجمع مخابراتي صهيوني في الخارج.
وبعد سنوات من الاحتلال امتد "الموساد" إلى داخل مدينة بغداد وحولها، وأصبح لهم عدة مقرات نذكر منها:
- (فندق الرشيد) وهو في قلب العاصمة العراقية مقابل قصر المؤتمرات ومقر البرلمان الجديد.
- (فندق بغداد( وسط العاصمة في شارع السعدون المطل على القصر الجمهوري.
- (فندق إيكال) الواقع في ساحة الواثق حي العلوية، اتخذ هذا الفندق مقراً مؤقتاً بعد الاحتلال مباشرة، وبعد اكتشافه من قِبَل المقاومة العراقية تركته عناصر "الموساد" خوفاً وبطلب من إدارة الفندق التي خشيت من تفجيره من قبل المقاومة.
- (فندق السدير نوفتيل) وما يحيط به من أبنية في وسط بغداد، وهذا الفندق والأبنية من أهم مراكز "الموساد" وإدارة الشركات الأمنية الصهيونية، ولحمايته من المقاومة العراقية التي هاجمته عدة مرات، تم تسوير المنطقة بسياج كونكريتي.
- (قصر دجلة الرئاسي) في المنطقة الخضراء فيه قيادة "الموساد" في العراق وشبه القنصلية الصهيونية العاملة في العراق بعد الاحتلال، وهذا القصر يقع مقابل مجمع القادسية المطل على شاطئ دجلة ،علماً أن في المنطقة الخضراء قيادة الاحتلال والحكومة وسفارة الاحتلال الأمريكية، والوزارات والدوائر الحساسة.
- ويوجد "الموساد" في بغداد في أحياء الحارثية والمنصور والجادرية بحراسة شديدة من قبل قوات المرتزقة.
- في حي الجادرية أرقى أحياء بغداد يوجد عناصر "الموساد" في مكاتب تتوزع في أكثر من زقاق من أزقة الحي المذكور القريب من المنطقة الخضراء، ومنها مسكن عبد حمود سكرتير الرئيس صدام حسين.
- تشغل عناصر "الموساد" جزءاً من نادي الصيد الواقع على ضفاف دجلة مقابل منطقة الدورة التابع للجنة الأولمبية، وتمتد مكاتب "الموساد" إلى منطقة عرصات الهندية موقع المساكن الرئاسية لمجلس الوزراء السابق.
أما خارج العاصمة فيوجد "الموساد" والمرتزقة الصهاينة:
- في معسكر الهضبة الغربية، فيه رجال "الموساد" مع ضباط وعساكر صهاينة، وبعض قيادات الشركات الأمنية الصهيونية، وقد كان هذا المعسكر من أكبر المعسكرات الجوية للجيش العراقي السابق، وهو محصن بسلسلة من التلال الطبيعية، ومحاط من الجنوب ببحيرة الحبانية، ويقع ضمن الهضبة أكبر مطار عسكري يستخدم لتحرك عناصر "الموساد" داخل العراق وخارجه بحرية مطلقة وفّرتها لهم قوات الاحتلال الأمريكي.
- معسكر السي سي يوجد في قاعدة الحبانية القديمة.
- كما يوجد "الموساد" مع قوات الاحتلال الأمريكي في قاعة عين الأسد و بعض القصور الرئاسية في الرمادي المطلة على شاطئ نهر الفرات.
- كما يوجد عناصر "الموساد" في قاعدة الوليد الجوية وقاعدة القادسية والبغدادي قرب الحدود السورية.
- ونقلت جريدة "الشاهد" المستقلة الأسبوعية عن افتتاح مكتب للجريدة الصهيونية "يديعوت احرنوت" في (فندق الحمراء) في حي الجادرية.