بعد سبع سنوات بعد عودة الرسول (صلى الله عليه وسلم) من خيبر تم توسعة المسجد، فأصبح يتكون من ظلة القبلة التي يرجح أنها كانت تحتوي على ثلاثة سقوف من السواري يتكون كل منها من 9 سواري 5 على يسار المنبر و 4 على يمينه نحو الشرق.
كما احتوى المسجد على فناء مكشوف.
وتم في هذه التوسعة فتح أبواب ثلاثة ظلت في أماكنها وبأسمائها إلى اليوم.
هذا بالإضافة إلى الأبواب التي كانت تفتح على المسجد من بيوت النبي (صلى الله عليه وسلم) التي أصبحت بهذه التوسعة ملتصقة بالجدار.
وبلغ ارتفاع سقف المسجد سبعة أذرع أي ثلاثة أمتار ونصف.
وقد كان يؤذن للصلاة من فوق سطح أحد المنازل حيث لم يكن للمسجد مئذنة.
وفي السنة التاسعة للهجرة تم إضاءة المسجد النبوي بالقناديل الزيتية بعد أن كانت تؤدى صلاة المغرب والعشاء على ضوء نار من جذوع النخل.
