تضم جامعة الملك خالد عددا من المراكز العلمية وهي:
1- مركز الأمير سلطان بن عبد العزيز للبحوث والدراسات البيئية والسياحية.
2- مركز البحوث والدراسات الاجتماعية.
3- مركز التوفل.
4- مركز بحوث علوم المواد المتقدمة.
5- مركز بحوث الأمراض الاستوائية.
6- مركز حوكمة الشركات.
7- مركز إعداد القادة الإداريين.
8- مركز الموهبة والإبداع.