نسب سكان ويسكونسن المنتمون إلى مختلف الانتماءات الدينية هي المسيحيون 81٪ (بروتستانت 50٪، روم كاثوليك 29٪، مورمون 0.5٪)، اليهود 0.5٪، المسلمون 0.5٪، البوذيون 0.5٪، الهندوس 0.5٪ واللادينيون 15٪.
المسيحية هي الديانة السائدة في ويسكونسن.
عام 2008، كانت أكبر ثلاث مجموعات طائفية في ويسكونسن هي الكاثوليكية، البروتستانتية الإنجيلية، والبروتستانتية الخط الرئيسي.
في عام 2010، كانت للكنيسة الكاثوليكية أكبر عدد من الأتباع في ويسكونسن (1,425,523)، تليها الكنيسة الإنجيلية اللوثرية في أمريكا مع 414,326 عضوا، والكنيسة اللوثرية سينودس ميزوري مع 223,279 من الأتباع.
سينودس ويسكونسن الإنجيلي اللوثري والذي لديه رابع أكبر عدد من الأتباع في ويسكونسن، والمؤتمر الدولي الذي تنتمي إليه، مؤتمر الإنجيلي اللوثري الإعترافي، وكلاهما له مقارها في وايكيشا، ويسكونسن.