تصيب البلهارسيا البولية أساسا الجهاز البولى ويشكو المريض من حرقان فى البول وزيادة فى عدد مرات التبول ووجود دمٍ أحمرَ قانٍ فى نهاية التبول وتتفاوت مضاعفات البلهارسيا البولية من التهاب المثانة وضيق وتليف الحالبين وحصوات الحوالب والمثانة والكلى والتهابات الكلى والفشل الكُلوى المزمن إلى سرطان المثانة.