تتميز مدينة جوبا بطبيعة تخطيطها الذي تنفرد به عن المدن الأخرى في الشمال، وخاصة من ناحية استخدام الأرض وشكل المباني والشوارع ومواد البناء المستخدمة وتوزيع السكان ومهنهم في المدينة.
وتحيط مدينة جوبا من الشرق الضفة الغربية لبحر الجبل، ومن الشمال الأراضي المرتفعة والمنحدرة، ولكن الأرض تنبسط في الاتجاهين الغربي والجنوبي، وهي المناطق التي تتوسع عليها حاليا، كما أن الجانب الشرقي للمدينة لا يلاصق بحر الجبل مباشرة، ولكنه يترك بينها مساحة خالية تجنبا لأثر الفيضان.
ويلاحظ أن المباني تقع على مناطق تلالية، كما في المنطقة العسكرية غربا، ومنطقة كتور جنوبا، وبعضها في مناطق منخفضة كما في الأجزاء الشرقية للمدينة، إلى جانب أن الشوارع في المدينة واسعة ذات تربة اللاتريت.
ومن ناحية طراز المباني في المدينة، يلاحظ أن المنازل السكنية ما عدا منازل السكان المحليين، تشيد من الحجارة والطوب الأحمر والإسمنت. ويمكن التمييز بين ثلاثة أنواع من المساكن في المدينة، أولها: هي المربعات السكنية القديمة في غرب المدينة وكانت تستعمل كمنازل سكنية للحكام البريطانيين، وثانيها هي المنازل التي يسكنها المواطنون الشماليون الذين يعملون في التجارة والأعمال الحرة، وثالثها هي منازل الأهالي التي تمثل أكبر مناطق المدينة السكنية، وتشيد المباني من القش وفروع الشجر.
ويسكن هذه المنطقة معظم الأهالي، لأن امكانياتهم المادية لا تسمح لهم بعمل مثل تلك المنازل الباهظة التكاليف. كما يوجد طراز آخر من المساكن هي منازل رجال الشرطة، وتشيد بالطوب الأحمر، كما يشمل المنزل على غرف لا تزيد على ثلاث.