أربعة أسباب أدّت الى وقوع الفتنة في خلافته:
1- سياسة عثمان وأسلوب حكمه وتمثل ذلك في أنه عمد الى عزل الولاة الذين كان عمر بن الخطاب قد عينهم من قبله، وولى مكانهم أقرباءه وأصدقاءه مما أثار غضب المسلمين الذين رأوا في عمر صادقا وعادلا ومنزها عن الأقرباء.
2- إسرافه في الإنفاق من بيت المال على نفسه وبيته وعلى اقربائه وأصدقائه دون التقيد بقيود أو حدود، وهذا التوجه زاد من غضب ونقمة المسلمين عليه.
3- لجوئه الى استخدام أسلوب النفيّ لكلّ من عارضه أو أظهر رأيا مخالفا لرأيه, حتى بلغ الأمر من أنه حبس الصحابيّ أبي ذر الغفاريّ.
4- قيامه باستخدام جوانب معينة في الدين, مثلا: خفض صوته أثناء التكبير وتقديمه الخطبة في العيد على الصلاة.