تقع مدينة سنار على ارتفاع 427 م عن مستوى سطح البحر. وتبعد المدينة جنوبا بنحو 280 كم عن العاصمة الخرطوم، وعلى بعد 107 كم عن ودمدنى عاصمة المديرية.
وتمتد المدينة على الضفة الغربية للنيل الأزرق في أراضي طينية زراعية جيدة، وترتفع الأرض قليلا في الغرب والجنوب الغربي، مما أدى إلى وجود المجاري المائية التي تعمل على تصريف مياه المدينة نحو النيل، وهذه المجاري عملت على تشكيل طبيعة الأرض، وظهر تأثيرها على تحديد اتجاه العمران في بعض أجزاء المدينة، وأهمها المجرى الرئيسي الذي يتوسط المدينة من الجنوب متجها إلى الشمال في وسط المباني ثم يسير شمال السوق الرئيسي ويصب في النيل،
أما المجرى الآخر فيتجه من الغرب إلى النيل شرقا، ويفصل بين السوق الرئيسي شمالا والمناطق السكنية جنوبا.