كانت عين كارم تعد من ضواحي القدس، وكانت طريق مرصوفة بالحجارة تربطها بالطريق العام الذي يصل القدس بيافا، والذي يمر على بعد ثلاثة كيلومترات شمالي القرية.
وتشير الأدلة الأثرية إلى أن هذا الموقع كان آهلا منذ الألف الثاني قبل الميلاد.
وتقول إحدى الروايات إن عين كارم هي مسقط رأس يوحنا المعمدان, كما يقال إن السيد المسيح والسيدة مريم العذراء زارا عين كارم مرات عدة.
وثمة اعتقاد أن الخليفة الثاني عمر بن الخطاب مر بها ذات مرة خلال الفتح الإسلامي, وصلى فيها.
تبين السجلات العثمانية أن عين كارم كانت في سنة 1596 قرية في ناحية القدس(لواء القدس)، لا يتجاوز عدد سكانها 160 نسمة.
وكانت عين كارم تؤدي الضرائب على عدد من الغلال والثمار.
في أوائل القرن التاسع عشر، ذكر الرحالة البريطاني جيمس بكنغهام أن ثمة مسيحيين في هذه القرية الصغيرة، وأن شجر الزيتون يكثر في الأودية المتاخمة لها.
وأشار غيره من الرحالة، في وقت لاحق من ذلك القرن، إلى وجود كنيسة مار يوحنا الفرنسيسكانية ضمن دير في الجهة الشرقية، ودير آخر (راهبات صهيون) وكنيسة حديثة البناء.
ويشير كتاب (مسح فلسطين الغربية) إلى أن مأوى روسياً كان في طور البناء سنة 1882، في أقصى غربي القرية، وإلى أن الفرنسيسكان أنشؤوا مدرسة للبٍنين، وأن راهبات صهيون يشرفن على مدرسة ودار أيتام للبنات.
