يحتوي حوض نواكشوط على رسوبيات سميكة نظراً لكونه حوضاً إنهدامياً تتجاوز سماكة رسوبياته 4000 متر Continental Terminal ويتكون من عدة تكوينات جيولوجية حيث يمكن التمييز بين التشكيلة القارية العليا وتكوينات الأيوسين.
التشكيلة القارية العليا تتكون من رمال أو حجر رملي غضاري غير متجانس تتراوح سماكته ما بين 200-100 متراً ويغطي معظم حوض نواكشوط ويشكل طبقة مائية حرة ويقدر التصريف النوعي لهذه الطبقة ما بين 30م3/اليوم/متر و50م3/اليوم/متر.
يعاني الحوض من تغلغل مياه البحر في المناطق التي ينخفض فيها منسوب المياه تحت سطح البحر (12 متر).
ومياه الطبقة الحرة أحفورية تعود إلى (8000-10000سنة) وتتقدم مياه البحر المالحة سريعاً نحو الشرق نتيجة الاستثمار الكثيف لهذه الطبقة في منطقة إنديدني.
المناطق التي لم تتعرض لطغيان البحر مياهها مقبولة (2غ/لتر).
أما الطبقة المائية الثانية منها (تكوين الأيوسين) وتقع تحت التكوينات القارية في الجزء الجنوبي من الحوض وتعتبر امتدادا لحوض السنغال وتشكل طبقة مائية جيدة.
