لنظام التشفير البيومتري للتوقيع بالقلم الإلكتروني له عدة مشاكل منها:
1- صورة البيومتري توضع على القرص الصلب لجهاز الحاسب، وبالتالي يمكن مهاجمتها أو نسخها بواسطة الطرق المختلفة المستخدمة في القرصنة الإلكترونية، أو نظم فك التشفير أو الترميز.
2- عدم التمكن من استخدام هذه الطريقة الحديثة في كل الحسابات المتوفرة نظرا لاختلاف نظم التشغيل وأساليب التخزين وخصوصيات حزم البرامج المتنوعة.
3- فقدان السرية والكفاءة الضامنة لهذه التقنية، ونظرا لمحاولة الشركات المصنعة لنظم البيومتري، الاتفاق على طريقة واحدة لهذه التقنية.
4- رغم أن معظم الشركات المصنعة لنظم البيومتري ترى أن دقة هذا النظام في تحقيق الشخصية تتراوح ما بين 99 % وحتى 99.99 %.
إلا أنه من غير المؤكد، التأكد من هذه النسب المرتفعة نوعا ما، لأنه حاليا توجد حالات احتيال باستخدام البصمة الشخصية المقلدة -البصمة البلاستيكية والمطاطية -.
- وكخلاصة نعتبر أن التوقيع الإلكتروني الرقمي اكثر استعمالا لأنه اكثر ضمانا وأمانا، لهذا نجد الكثير من المتعاملين إلكترونيا يستخدمون التوقيع الإلكتروني الرقمي في تعاملاتهم.
