جاء المرسوم التنفيذي رقم 90-09 المؤرخ في 21 صفر 1430 هـ الموافق لـ 17 فيفري 2009، الذي يعدل ويتمم المرسوم التنفيذي رقم 219-98 المؤرخ في 1998/07/07 وأصبحت الجامعة تتكون من ستة كليات هي:
1- كلية العلوم الدقيقة وعلوم الطبيعة والحياة.
2- كلية العلوم والتكنلوجيا.
3- كلية الحقوق والعلوم السياسية.
4- كلية العلوم الإنسانية والاجتماعية.
5- كلية العلوم الاقتصادية والتجارية وعلوم التسيير.
6- كلية الآداب واللغات.
7- معهد علوم و تقنيات النشاطات البدنية والرياضية.
كما عدل المرسوم التنفيذي المادة 4 من المرسوم التنفيذي رقم 219-98 بحيث أصبحت تضم مديرية الجامعة زيادة على الأمانة العامة والمكتبة المركزية أربع نيابات مديرية تكلف على التوالي بالميادين الآتية:
1- نيابة مديرية الجامعة للتكوين العالي في التدرج والتكوين المتواصل والشهادات.
2- نيابة مديرية الجامعة للتكوين العالي في ما بعد التدرج والتأهيل الجامعي والبحث العلمي.
3- نيابة مديرية الجامعة للعلاقات الخارجية والتعاون والتنشيط والاتصال والتظاهرات العلمية.
4- نيابة مديرية الجامعة للتنمية والاستشراف والتوجيه.
