تشكل مؤسسات التعليم العالي أعلى المراحل التعليمية التشيكية.
وتعِد كل مؤسسة أو كلية برامجها الدراسية وتعتمدها من قِبل وزارة التعليم والشباب والرياضة؛ وذلك بناءً على توصية إيجابية من لجنة الاعتماد.
تنقسم مؤسسات التعليم العالي إلى نوعين: إما جامعية أو غير جامعية. وقد تقدم مؤسسات التعليم العالي الجامعية كافة أنواع البرامج الدراسية.
أما مؤسسات التعليم العالي غير الجامعية فتقدم بشكل رئيسي برامج دراسية للحصول على درجة البكالوريوس، ولكن قد تقدم أيضًا برامج دراسية للحصول على درجة الماجستير.
وفي عام 2008، كانت هناك26 مؤسسةً عامةً ومؤسستين حكوميتين46 مؤسسةً خاصةً من مؤسسات التعليم العالي.
